Identification moléculaire des espèces de Fusarium : choix des gènes et des bases de données

Abstract

Fusarium est un champignon du sol très diversifié relativement à la génétique, l’écologie et à la pathogénicité des espèces végétales cultivées d’intérêt économique. Dans le cadre de notre étude, nous avons utilisé les séquences de 22 souches de Fusarium spp., isolées à partir des tiges et des racines de plantes de tomate, présentant des symptômes de pourriture racinaires. La comparaison a concerné les séquences obtenues en amplifiants le facteur d’élongation de la transduction (TEF-1α) ; ainsi que, L'espaceur interne transcrit (ITS). Le logiciel bio-informatique Bioedit a été utilisé pour le raffinement et l’alignement des séquences brutes. Trois bases de données ont été utilisées pour comparer les séquences : NCBI blast, Fusarium-ID et Fusarium-MLST. L’identification a montré que les 22 souches au genre Fusarium appartiennent aux espèces : F. oxysporum, F. solani, F. equiseti et F. redolens. Les résultats ont montré que le gène TEF-1α donne des pourcentages de similitude très intéressants, par rapport à la région ITS, ainsi que la base Fusarium-MLST donne plus de détails sur les groupes d’espèces, chose qu’on ne trouve pas pour les autres bases de données utilisées